该院耳鼻喉科是我国首批国家级重点学科和硕士博士授予点，多次位列全国耳鼻咽喉科专科排名第一。该学科团队拥有众多杰出人才，包括中国科学院院士、97首席科学家等。该院在诸多领域如听觉言语疾病、耳神经颅底外科等处于国内领先、国际先进水平。
第二、首都医科医院医院耳鼻咽喉头颈外科是重点学科，结合基础研究和临床实践，具有国内代表性的专科特色，是国家重点学科和人才培养基地。该学科有院士、主任医师、研究员等众多专家，下设四个亚学科和多个诊疗中心。年门急诊量和出院量巨大，临床诊治与研究重点是常见、多发和疑难病，开展国际水平的基础与临床研究。此外，该学科在多个领域保持国内领先地位，如嗓音疾病的外科治疗、鼻内镜外科技术等。年，该学科牵头组建了全国耳鼻咽喉头颈外科联盟，旨在提升全国该领域的医疗和科研水平。
第三、医院年4月27日，医院第六医学中心成立耳鼻咽喉头颈外科医学部，拥有医护人员近名，设9个亚专科。该医学部被评定为全军及国家多个重点学科和研究重点实验室，承担近项重大课题，获得超2亿元科研经费和余项奖项。年成立的海南省耳鼻咽喉头颈疾病临床医学研究中心，以头颈肿瘤综合治疗和聋病防治为特色。
第四、医院医院耳鼻咽喉科自建科以来，培养了众多该领域人才，对我国耳鼻咽喉科学的发展做出了重大贡献。设有耳科学组、鼻科学组、咽喉头颈学组等，并拥有人工耳蜗中心、助听器中心等实验室。在耳显微外科学、鼻内镜下微创手术等方面取得了良好疗效，并在基础研究方面取得了深入成果。目前，已成为国家临床重点专科，连续4医院最佳专科声誉排行榜四强。
第五、医院耳专科：医院耳专科拥有国内优秀的学术团队，设有临床听力中心。临床工作包括各类耳科手术及电子耳蜗植入术等。
鼻专科：该专科有教授5人，其中四人为博士生导师，副教授2人。为国家重点学科和国家重点专科。临床工作涉及内镜鼻窦外科、内镜鼻眼相关外科和内镜颅底外科等领域，内镜手术在国内处于领先地位。
咽喉专科：该院耳鼻咽喉学科为国家重点学科、国家临床重点学科，拥有国内一流的医疗、科研和教学人才梯队。临床工作涵盖耳鼻咽喉学科各种常见病以及危、急、重病例，具有自身的技术优势和特色。